预测漏掉的新抗原,质谱找到了

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2026年1月在线发表于Journal of Clinical Investigation的一项研究里,藏着一个对免疫肽组学从业者颇有分量的事实:靶向TP53 R248Q新抗原的TCR-T在小鼠模型里抑瘤有效,而让这条路线成立的关键肽段SCMGGMNQR,并不在NetMHCpan4.1的预测列表里[1]。研究由上海交通大学医学院附属第一人民医院张岩、宋献民团队主导,联合快序生物(KuaiXu Biotechnologies)等多方完成:研究者把七个TP53热点突变串联成环状mRNA表达构建,转入分别表达HLA-A*11:01、A*02:01、A*24:02的K562细胞,用温和酸洗脱加LC-MS/MS从头测序直接鉴定被呈递的肽段[1]。预测算法给出的九个候选结合肽里,只有一个是质谱真正验证的;反过来,质谱测到的R248Q肽预测完全没看见。论文自己的表述很克制——质谱方法可以补充计算预测工具。

这条线索值得单写一篇,因为它与此前的NT-175构成一对镜像。R175H走的是高加索人群高发的HLA-A*02:01路线,而R248Q是TP53在血液系统恶性肿瘤中突变频率最高的热点(ICGC数据库9.52%,该院265例中6.79%),呈递它的HLA-A*11:01则是东亚人群最常见的I类等位基因之一[1]。共享新抗原路线要扩大患者覆盖面,“人群适配”是绕不开的功课,而这项研究给出的答案是:先让质谱说话,再谈预测。

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图1 Shen等JCI 2026论文Figure 1(截图来源 www.jci.org,DOI: 10.1172/JCI196613)——A/B:TP53热点突变在泛癌与血液肿瘤中的频率及该院265例临床数据;C:串联新抗原环状mRNA表达构建;D:K562工程化、温和酸洗脱与LC-MS/MS从头测序流程;E:R248Q肽SCMGGMNQR的镜像谱图。

做这段质谱的公司值得被认识。快序生物是加拿大Rapid Novor在中国的运营主体,后者由滑铁卢大学计算机系教授马斌于2015年创立——他主持开发的PEAKS自2003年起长期是蛋白从头测序的行业标配,2015年的Novor软件用三十余万张谱图训练的决策树把从头测序做到实时,每秒三百张谱图,比PEAKS多测对百分之七到三十七的残基[2][12]。公司技术栈沿这条线展开:REmAb做单抗从头测序;REpAb直接从血清多抗测抗体,2024年Nature Communications上团队从疫苗接种者血浆中直接测得了SARS-CoV-2中和抗体的全长序列[3];针对I/L同分异构体的WILD方案用EThcD碎裂区分亮氨酸与异亮氨酸——从头测序最经典的盲区,公司称其为全球首个商业化解决方案[10][11]。这一条属于公司口径,尚无独立同行评议数据直接检验。

商业上三条线并行。一是测序服务:官网口径累计超过一万个抗体测序项目、八百多家客户[10]。二是临床检测EasyM——用M蛋白从头测序加PRM靶向定量做多发性骨髓瘤血液MRD监测,已获美国CLIA认证,2026年3月拿到加拿大安大略省卫生部临时牌照,Princess Margaret癌症中心的评估研究于2026年4月完成入组[6][7];支撑它的同行评议数据是2024年Clinical Cancer Research的回顾性研究:447份血清样本中MS-MRD对免疫固定电泳的灵敏度达99.6%,MS-MRD阴性与更长的PFS和OS独立相关[4]。三是新抗原质谱鉴定服务——这篇JCI论文正是这条线的产物,合作方还包括SPH Biotherapeutics与Suzhou CureMed,显示公司正从服务商向“质谱发现、合作方开发”的分工上游移动[1]。

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图2 Rapid Novor官网首页截图(访问于2026-10-13,来源 www.rapidnovor.com)。

资本层面的信息相对单薄:公开披露的融资只有2021年7月凯风创投领投的500万美元A轮,加上NRC IRAP新冠专项与BDC、SR&ED、Ontario Genomics等加拿大公共支持;估值未公开,此后未见公开新融资记录[8][9]。对照当下动辄以九位数美元A轮出场的平台新贵,这是一家罕见地靠服务收入养临床管线的小资本公司——代价是扩张速度,好处是叙事节奏不被下一轮现金流绑架。

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图3 ai generated:左——NetMHCpan4.1预测与MAE/MS从头测序的对拍,九个预测候选仅一个被质谱验证,R248Q肽为质谱独有发现;右——从PEAKS(2003)到临床测序平台的路径。数据来源:DOI 10.1172/JCI196613及公司公开信息。

需要保持警惕的地方同样清楚。其一,公司宣传口径中的部分数字——REmAb的“100%准确率、100%覆盖率”,EasyM“灵敏度提高200到1000倍、提前6到8个月预警复发”——缺乏可独立核验的公开基准,文献支持的是Clinical Cancer Research那组回顾性数据[4][10][11]。其二,从头测序的护城河未必高不可攀:2025年已有学者发表自制全长抗体从头测序工作流并声称可变区完全准确[5],而Novor论文也坦承准确率依赖训练谱图的分布[2]。其三,JCI研究全部停在临床前:TCR亲和力1.86微摩尔属中等,八名供者仅一人筛出可用TCR,TCR-T细胞随时间上调PD-1与CTLA-4出现功能障碍[1]。以质谱视角再加一句注脚:研究用的是K562过表达体系加温和酸洗脱,并非经典的免疫亲和免疫肽组学流程,好在作者用胰腺癌患者组织验证了R248Q肽的天然呈递,过表达伪影的质疑算是有了着落[1]。

维度 内容
公司 Rapid Novor(加拿大滑铁卢,2015年创立)与快序生物(上海,中国运营主体);创始人马斌、CEO谢明杰
技术 抗体蛋白从头测序(REmAb/REpAb/NovorIg)、WILD(EThcD区分I/L,公司口径全球首个商业化方案)、HDX-MS表位作图、SPR;EasyM多发性骨髓瘤血液MRD
代表文献 Novor算法(JASMS 2015);REpAb中和抗体测序(Nat Commun 2024);EasyM回顾性研究(Clin Cancer Res 2024);TP53 R248Q新抗原TCR-T合作研究(JCI 2026)
商业阶段 测序服务商业化(1万+项目、800+客户);EasyM获美国CLIA认证与加拿大安大略省临时牌照(2026-03);新抗原鉴定以合作研究形式进入TCR-T开发链条
资本 2021年7月A轮500万美元(凯风创投领投)+ 加拿大政府项目支持;估值未公开;此后无公开新融资记录
关键风险 宣传口径与文献数据存在落差;从头测序准确率无金标准、学术DIY工作流出现;JCI研究全部为临床前且TCR可筛率低;资本厚度弱于同赛道平台公司

在笔者看来,这篇论文真正的分量在于它用一组干净的对拍重申了证据的等级:预测给的是候选,谱图给的是证据。NetMHCpan仍是不可或缺的初筛工具,但当一条肽的临床价值取决于它是否真的被呈递时,实测掌握着最稀缺的否决权——预测说不算,谱图说了算。对Rapid Novor而言,新抗原与MRD两条临床线能否把服务型收入转成数据与临床壁垒,是它从最大的抗体测序服务商走向平台公司的分水岭;而一位以算法起家的科学家在二十年后把公司押回实验数据这一侧,本身就是这个领域对不同证据价值的一次投票。

参考文献

  1. Shen L, Chen Z, Xu J, et al. T cell receptor-engineered T cells targeting the TP53R248Q neoantigen elicit antitumor effects in human cancer models. J Clin Invest 2026. DOI: 10.1172/JCI196613.
  2. Ma B. Novor: real-time peptide de novo sequencing software. J Am Soc Mass Spectrom 2015;26(11):1885-1894. DOI: 10.1007/s13361-015-1204-0.
  3. Le Bihan T, Nunez de Villavicencio Diaz T, Reitzel C, et al. De novo protein sequencing of antibodies for identification of neutralizing antibodies in human plasma post SARS-CoV-2 vaccination. Nat Commun 2024;15:8790. DOI: 10.1038/s41467-024-53105-8.
  4. Fan H, Wang B, Shi L, et al. Monitoring minimal residual disease in patients with multiple myeloma by targeted tracking serum M-protein using mass spectrometry (EasyM). Clin Cancer Res 2024;30(6):1131-1142. DOI: 10.1158/1078-0432.CCR-23-2767.
  5. He M-T, Li N, Wang J-H, et al. Do-it-yourself de novo antibody sequencing workflow that achieves complete accuracy of the variable regions. J Proteome Res 2025 (Article ASAP).
  6. Rapid Novor. Rapid Novor Receives Ontario Ministry of Health Provisional License for EasyM Blood-Based MRD Test for Multiple Myeloma. Company press release, March 10, 2026.
  7. Rapid Novor. Rapid Novor Announces Completion of Patient Enrollment in Princess Margaret Cancer Centre Study Evaluating EasyM in Multiple Myeloma. Company press release, April 7, 2026.
  8. Rapid Novor. Kitchener Biotech Rapid Novor Raised $5M USD to Decode Immune System. Company press release, July 2021 (Series A led by Co-Win Venture).
  9. BetaKit. Today in funding: Medzy, Rapid Novor, Byta, VodaSafe. July 2021 ($6.6M CAD, approx. $5M USD, Series A).
  10. Rapid Novor official website. Technology, services and news pages (REmAb, REpAb, RapidHDX-MS, RapidSPR, EasyM; 10,000+ sequencing projects, 800+ clients). www.rapidnovor.com. Accessed October 13, 2026.
  11. 快序生物官网(Rapid Novor中国运营主体). 服务介绍、WILD I/L区分技术说明与肿瘤新抗原质谱鉴定服务. www.kuaixu.com. Accessed October 13, 2026.
  12. 腾讯新闻·创·问. Rapid Novor马斌:专注于基于质谱的蛋白质组学,做抗体蛋白质测序技术的全球领导者. August 29, 2022 (中文访谈,PEAKS开发与创业经历来源).

内容经AI校正和润色,审慎阅读

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